Στο θέμα της μετατροπής της Αγίας Σοφίας στην Πόλη, από Μουσείο, σε τέμενος, που επιδιώκουν ισλαμικοί κύκλοι της Τουρκίας σε συνεργασία με τη σημερινή κυβέρνηση, πήρε θέση ο Οικουμενικός Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως κ.κ. Βαρθολομαίος, λίγο πριν από τη συνεδρίαση του τουρκικού Συμβουλίου της Επικρατείας, που αναμένεται να βγάλει την σχετική απόφαση.
Ο Οικουμενικός Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως κ.κ. Βαρθολομαίος, ο οποίος χοροστάτησε την Τρίτη 30 Ιουνίου 2020, στη Θεία Λειτουργία στον Ιερό Ναό Αγίων Αποστόλων στο Φερίκιοϊ, που σήμερα πανηγηρίζει κατά τη διάρκεια της ομιλίας του μεταξύ άλλων, επισήμανε πως η αλλαγή της ταυτότητας του Μνημείου της Αγίας Σοφίας, θα δημιουργήσει εντάσεις ανάμεσα στον χριστιανικό και μουσουλμανικό κόσμο.
Ο Οικουμενικός Πατριάρχης κ.κ. Βαρθολομαίος, ανέφερε μεταξύ άλλων, ότι «τυχόν μετατροπή της Αγίας Σοφίας σε τέμενος θα στρέψει εκατομμύρια χριστιανών σε όλο τον κόσμο εναντίον του Ισλάμ. Το έτος 2016 απεστείλαμεν Γράμμα εις τον τότε διευθυντήν Θρησκευτικών Υποθέσεων και εκφράσαμε την ανησυχία μας για το ενδεχόμενο αλλαγής του καθεστώτος της Αγίας Σοφίας. Δεν θα πρέπει αυτός ο Ναός να γίνει αιτία συγκρούσεων μεταξύ των δύο λαών. Δεν ανήκει μόνο σε αυτόν που κατέχει το μνημείο, αλλά και σε ολόκληρη την ανθρωπότητα. Ο τουρκικός λαός έχει την μεγάλη ευθύνη και την υψίστη τιμή να αναδεικνύει την οικουμενικότητα του μνημείου. Η Αγία Σοφία ως μουσείο αποτελεί τόπος και σύμβολο συναντήσεως, αλληλεγγύης και αλληλοκατανοήσεως Χριστιανισμού και Ισλάμ. Η τυχόν μετατροπή της Αγίας Σοφίας σε τέμενος θα στρέψει εκατομμύρια χριστιανών σε όλο τον κόσμο εναντίον του Ισλάμ. Το ζητούμενο, όμως, είναι η ενότητα».
Την Πέμπτη 2 Ιουλίου 2020, το 10ο τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας της Τουρκίας, θα συζητήσει την προσφυγή, ενώ σε αντίστοιχη δικαστική προσφυγή που είχε γίνει το 2016 ο τότε εισαγγελέας έδρας είχε προτείνει την απόρριψή της και τη διατήρηση του μουσειακού χαρακτήρα της Αγίας Σοφίας.
Η μάχη που δίνουν διαχρονικά οι Ισλαμιστές και η κυβέρνηση του Ρετζέπ Ταγίπ Ερντογάν, για μετατροφή της Αγίας Σοφίας σε τζαμί, ξεκίνησε από το 2005, κατά τη διάρκεια της πρωθυπουργίας του Ταγίπ Ερντογάν. Τότε οργανώσεις ισλαμιστών κατέθεσαν προσφυγή για την ακύρωση του Διατάγματος του 1934, που μετέτρεπε την Αγία Σοφία από τζαμί σε Μουσείο.
Όμως το 2009, το Συμβούλιο της Επικρατείας της Τουρκίας, είχε γνωμοδοτήσει ότι δεν συντρέχει κανέναν λόγος παραβίασης, που η Αγία Σοφία χρησιμοποιείται ως Μουσείο και έτσι απέρριψε την σχετική προσφυγή.
Μάλιστα, έπειτα από σχετική έφεση η υπόθεση έφτασε σε ανώτερα κλιμάκια του Συμβουλίου της Επικρατείας της Τουρκίας και στις 10 Δεκεμβρίου 2022, πήρε και πάλι την ίδια απόφαση, ενώ και στις 6 Απριλίου 2016, απέρριψε και νέα προσφυγή.
