Σειρά επαφών με την πολιτειακή και πολιτική ηγεσία της Κυπριακής Δημοκρατίας, είχε ο υφυπουργός Εξωτερικών, κατά τη διήμερη επίσκεψή του στη Λευκωσία, στις 21 και 22 Απριλίου 2016. Ο κ. Αμανατίδης έγινε δεκτός από τον Πρόεδρο της Κυπριακής Δημοκρατίας, Νίκο Αναστασιάδη, από τον υπουργό Εξωτερικών, Ιωάννη Κασουλίδη, ενώ επισκέφθηκε και τον Αρχιεπίσκοπο Κύπρου, κ.κ. Χρυσόστομο Β΄.
Παράλληλα, ο υφυπουργός Εξωτερικών Γιάννης Αμανατίδης είχε στενή συνεργασία με τον Επίτροπο Ανθρωπιστικών Θεμάτων και Αποδήμων, Φώτη Φωτίου, με στόχο την εμβάθυνση και το συντονισμό των δράσεων Ελλάδας – Κύπρου σε ζητήματα Διασποράς.
Τέλος, ο κ. Αμανατίδης επισκέφθηκε τα Φυλακισμένα Μνήματα στη Λευκωσία, αποτίοντας φόρο τιμής στο μνημείο των πεσόντων.
Με τον Νίκο Αναστασιάδη
Μετά τη συνάντησή του με τον Πρόεδρο της Κυπριακής Δημοκρατίας Νίκο Αναστασιάδη, ο Γιάννης Αμανατίδης δήλωσε: «Στα πλαίσια της επίσκεψης μου για πρώτη φορά ως Υφυπουργού Εξωτερικών στη Κύπρο είχα τη τιμή και τη χαρά να συναντήσω τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας. Είχαμε μια εγκάρδια συζήτηση. Ενημερώθηκα και από τον Πρόεδρο για τις τελευταίες εξελίξεις γύρω από το εθνικό θέμα, η Ελλάδα και η Κύπρος είναι οι παράγοντες σταθερότητας στην ευρύτερη περιοχή και βέβαια με τη διεύρυνση των συνεργασιών οι οποίες υπάρχουν ανάμεσα Ελλάδα-Κύπρος –Ισραήλ όπως και Ελλάδα- Κύπρος και Αίγυπτο».
Με τον Αρχιεπίσκοπο Κύπρου
Ο υφυπουργός Εξωτερικών Γιάννης Αμανατίδης, μετά τη συνάντηση που είχε με τον Αρχιεπίσκοπο Κύπρου Χρυσόστομο Β’, δήλωσε: «Με το Μακαριώτατο είχαμε μια πολύ φιλική συζήτηση. Να τον ευχαριστήσω που με δέχθηκε. Η εκτίμηση προς το πρόσωπο του το γνωρίζει ότι είναι απεριόριστη, έχουμε συνεργαστεί και στο παρελθόν. Ενημερώθηκα για τις τελευταίες εξελίξεις και πως τις βλέπει ο ίδιος σε σχέση με το εθνικό θέμα. Αλλά και τον ευχαρίστησα ιδιαίτερα, μέσα από την καρδιά μου για τη συμβολή του για την επιτυχία της πραγματοποίησης της Αγίας και Πανορθοδόξου Συνόδου, η οποία γίνεται στη Κρήτη στο Κολυμπάρι, τώρα τον Ιούνιο. Μακαριώτατε όπως γνωρίζετε Απόδημος Ελληνισμός και Εκκλησία, Ορθοδοξία είναι άρρηκτα συνδεδεμένες, δεν μπορεί να διαχωριστεί το ένα από το άλλο και ως εκ τούτου και η συμβολή της Εκκλησίας της Κύπρου στον ελληνισμό της διασποράς είναι τεράστια. Εκτιμώ ότι υπάρχουν περιθώρια που μπορούμε να συνεργαστούμε ακόμη περισσότερο και αυτά είναι η συνεργασία μας με τη δύναμη του Θεού και του Μακαριωτάτου την προσπάθεια, μπορούμε να πάμε σε βήματα μπροστά. Να ευχαριστήσω στο σημείο αυτό και τον κ. Φωτίου που μου έδωσε την δυνατότητα αυτή πραγματικά, να επισκεφθώ την Κύπρο μέσα από την ιδιότητα μου ως Υφυπουργού Εξωτερικών».
